windowsでgitを扱う事自体に壁があるのですが、msysgitだと日本語ファイル名がうまくいってくれない。どうしようかなといろいろ調べてみて、なんとか解決しました。

http://www.okisoft.co.jp/esc/cygwin-20.html

こんなものを作ってくれるえらい人がいました。
cygwin1.dllを上記リンクのように書き換えてください。
cygwinからgitを使います。

setup.exeをダブルクリックして、Develの下にあるgitとNetの下にあるopensshをインスコしておいてください。

このutf-8cygwinからgitをつかうとファイル名は上手く解決してくれます。
ただコメントの日本語入力は今のところうまくいっていません。
また、Redmine上のレポジトリブラウザからIEでのファイルダウンロードはうまくいかないので、IEはクソで解決してください。